元气骑士中共有三种主要隐藏关卡：墓穴、沼泽和溶洞，每种隐藏关卡都有特定的进入条件和触发方式。墓穴隐藏关卡位于遗迹地图中，玩家需要击败1-5的BOSS后，在额外房间内与石门交互触发谜题。谜题要求将符号相同的石块连接并填满所有格子，成功解谜后石门开启露出传送门。该谜题有时间限制，门上的六个发光符号全部熄灭即宣告失败，连接字符时若出错可按原路退回重新连接。
沼泽隐藏关卡出现在森林地图中，玩家需要在普通房间找到奉献池并投入武器进行献祭。武器品质越高获得的献祭值越多，白色武器提供1点，绿色2点，依此类推。当累计献祭值达到5点后，BOSS将被强制替换为变异的哥布林祭师，击败后出现紫色传送门即可进入沼泽关卡。部分玩家声称向森林关卡的献祭池投入10把红武可解锁隐藏内容，但实际测试表明该方式并无特殊奖励。
溶洞隐藏关卡与冰雪关卡关联，玩家在冰雪关BOSS房间有概率发现被堵住的路。击败BOSS后天上会掉落牢笼，解救其中的矿工并对话可让其开路，跟随矿工到达矿洞前即可进入溶洞。5.0.0版本后，使用矿工角色可直接越过障碍到达矿洞。溶洞地面存在冰面会影响移动操作，任何冲击波和爆炸都可能引发冰刺掉落造成伤害，这些地形机制增加了关卡挑战性。
隐藏关卡每天仅能进入一次，每次进入会重置内部怪物和宝箱。三个隐藏关卡都对应特定成就，例如无伤击败守墓甲虫王可获得背景音乐磁带，通关全部隐藏关卡则解锁混剪音乐神秘大碟。玩家需注意，部分旧攻略提到的3-6隐藏关卡在当前版本并不存在，相关信息属于过时内容或误解。正确触发隐藏关卡需要严格满足对应地图和条件，随机匹配的普通关卡不会出现隐藏入口。
游戏设计上，隐藏关卡相当于2层关卡，与常规1层关卡形成对应关系。2020年感恩节版本首次推出溶洞对应冰雪关卡，2021年新年版本追加了沼泽和墓穴分别对应森林和遗迹关卡。这种设计既增加了游戏探索深度，也为玩家提供了获取稀有装备的新途径。通过研究官方更新日志和实测数据可以确认，目前版本仅存在这三个主要隐藏关卡，其他所谓隐藏关卡均未被验证。
