飞翔之魂是困难模式下重要的制作材料，主要用于合成各类翅膀和飞翔之魂瓶。获取飞翔之魂的核心方法是击败肉山后出现的飞龙类敌怪，包括虚空白龙和虚空青龙。这两种生物通常在高空区域生成，尤其是太空层（界面变为漆黑）或空岛附近，每次击杀可掉落5-10个飞翔之魂。需飞翔之魂仅在肉山后的世界掉落，且飞龙不会在地表、猩红之地、腐化之地或地牢生物群落中生成。
当玩家观察到高空出现鸟人（哈比）时，往往预示飞龙即将生成。建议携带深度计确认高度，飞龙通常在空岛高度以上出现，等待时间从几秒到几分钟不等。若需高效刷取，可装备会飞行的坐骑（按R键召唤）或飞行类饰品（如雏翼、仙灵之翼），直接前往太空层等待飞龙生成。需注意，每次仅能生成一条飞龙，击杀后需等待下一轮刷新。
战斗策略上，推荐使用穿透性远程武器应对飞龙。小丑之箭、圣箭配合弓弩类武器，或霰弹枪、玛瑙爆破枪等范围攻击武器均可有效应对。魔法类武器如雨云魔杖、蛇发女妖头亦适用。飞翔之魂会掉落在飞龙头部死亡位置并悬浮于空中，若头部位于屏幕外或物块内可能导致拾取困难，因此建议在开阔区域作战。
收集足够飞翔之魂后，可搭配其他材料制作翅膀。基础配方需25个飞翔之魂、10个羽毛和30个光明之魂，在秘银砧或山铜砧处合成。翅膀能显著提升机动性，提供无限飞行时间（需配合翱翔徽章）、坠落伤害免疫及精准的空中操控能力。若计划制作全类型翅膀，需准备约300个飞翔之魂，对应击杀30-60只飞龙。
