口袋妖怪火红轮船所在位置位于枯叶市的码头区域。玩家需要先获得船票才能登船，船票可通过完成华蓝市正辉的剧情任务取得。具体流程为：在华蓝市右上角25号路的正辉家中，与变成皮皮的NPC对话后操作电脑使其恢复人形，作为回报会赠送圣安奴号的船票。获得船票后返回枯叶市，在城镇南部的码头即可看到停泊的轮船。
轮船内部包含多个可探索区域和训练家对战。登船后建议优先前往右侧第二间客房，与女孩对话可免费恢复精灵体力。船舱底层分布着大量训练家，战胜他们能获得经验值提升队伍等级。船长室位于轮船最深处，帮助船长按摩背部后可获得秘传机01居合斩，该技能是后续推进剧情的必备道具。需注意轮船会在玩家下船后立即离港，因此务必在离开前完成所有探索。
圣安奴号轮船剧情是游戏中期的重要过渡环节。完成该剧情后，玩家需使用居合斩清除枯叶市道馆门前的树木，才能挑战电系馆主马志士。轮船上的对战训练家等级普遍在20-25级之间，建议队伍平均达到22级再登船挑战。在船长室获得居合斩时，系统会强制玩家选择一只精灵学习该技能，推荐让具备岩石或地面属性的精灵学习以应对电系道馆。
轮船探索完毕后，玩家可返回华蓝市用兑换券获取自行车提升移动效率。枯叶市精灵中心左侧房屋能取得初级钓竿，右侧自行车店能用兑换券换取自行车。这些道具与轮船剧情形成连贯的任务链，共同构成4-6枚徽章阶段的核心内容。需特别注意若未取得船票直接前往码头，NPC会以这不是你的船为由阻止登船。
轮船剧情的完成标志着游戏进程进入中期阶段。此后玩家需要前往11号道路的地鼠洞穴，在通道尽头的助手处取得秘传机05闪光术。该技能是探索岩山隧道的必备道具，而岩山隧道又是通往紫苑镇的关键路径。这种环环相扣的设计体现了火红版地图逻辑的严密性，轮船作为其中枢纽发挥了承前启后的重要作用。
